"Ziemia Sejneńska" leży w mazurskiej dzielnicy klimatycznej, tutejszy klimat wykazuje najbardziej kontynentalne cechy, na co wpływa występowanie dużych obszarów leśnych porastających równiny sandrowe na południu regionu oraz znaczne wysokości wzgórz morenowych, dochodzące do 300 m. n.p.m. (poza obszarem Sejneńszczyzny). Jest to jeden z zimniejszych obszarów Polski, zima trwa ponad 100 dni, średnia temperatura roczna wynosi 7°C.
